Le Programme de prise en charge des jeunes SOS a débuté par l’ouverture du premier foyer de jeunes filles en 2008 avec comme effectif 8 jeunes. En 2010, le Village d’Enfants SOS a ouvert son 2ème foyer de jeunes avec 18 jeunes. En 2011, 2 nouveaux Foyers de jeunes ont ouvert leurs portes simultanément : un 2ème pour filles (17 jeunes) et un autre pour garçons (20 jeunes). Le 3ème foyer pour jeunes garçons a ouvert ses portes en 2013 avec un effectif de 13 jeunes.
Le Programme compte 132 jeunes dont 72 garçons et 60 filles dont 29 jeunes vivant dans différents foyers de jeunes, 37 jeunes logeant dans différents internats et 66 jeunes déjà réunifiés avec leurs familles tutrices. En plus, 21 jeunes sont déjà émancipés. Parmi ceux-là, cinq jeunes filles se sont déjà mariés et 14 jeunes sont sortis du programme avec un diplôme (donc avec autonomie). Sur le plan académique, 48 jeunes poursuivent les études universitaires au Burundi et 5 à l’étranger dont 2 aux universités de Kigali (Rwanda), 1 à l’université Jacobs Bremen (Allemagne), 1 à ZHEJIANGGONGSHANG UNIVERSITY en Chine et 1 à l’université de Debrecen en Hongrie.
En 2018, le programme déménage dans les locaux du Village d’Enfants SOS Rutana pour enfin devenir une unité de programme indépendante en 2019. Le programme intervient sur 5 collines de la commune de Rutana et compte 745 orphelins et autres enfants vulnérables vivant dans 162 familles biologiques répartis comme suit:
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