SOS Villages d’Enfants accorde une importance capitale à l’éducation des enfants, un droit fondamental pour leur développement et leur épanouissement. C’est pour cette raison que des écoles pour les enfants pris en charge par SOS Villages d’Enfants et ceux de la communauté ont été construites. Des bourses d’études sont également accordées aux enfants démunis pour leur permettre de poursuivre normalement leur scolarité.

SOS Villages d’Enfants Burundi possède des institutions préscolaires et scolaires composées de 4 Jardins d’Enfants, 5 Ecoles SOS HG à Bujumbura, Cibitoke, Gitega, Muyinga et Rutana ainsi qu’une école secondaire, le lycée SOS HG Bujumbura, fréquentés par 3 111 enfants et jeunes dont 626 bénéficiaires des Programmes de SOS Villages d’Enfants Burundi.